Au collège St Joseph de Fleurance, l'instruction religieuse est assurée par 2 professeurs : Mme M.P Sésé pour les 6ème et Mme Lacave-Fawcitt pour les 5ème, 4ème et 3ème sur des heures balisées à cet effet.

En 6ème Mme Sésé propose le parcours Kim et Noé.
En 5ème, 4ème et 3ème, Mme Lacave-Fawcitt propose l'étude de l'organisation institutionnelle de l'Eglise, des grandes fêtes du calendrier liturgique, des sacrements et de  la pratique religieuse.

L'établissement est aidé dans cette tâche  par le Père Augustin de la paroisse qui vient rendre visite aux élèves une fois par mois. Il peut, dans le cadre de l'aumônerie, préparer les élèves qui le souhaitent - en accord avec les parents - à recevoir les sacrements du Baptême, de l'Eucharistie, ou de la Confirmation. Le sacrement de réconciliation est proposé au sein de l'établissement pour les élèves qui ont déjà été baptisés.

Il va sans dire que le message évangélique est annoncé à tous dans le respect de la liberté de conscience.

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